主题曲『黄昏时のレイライン～The Sum of wish and Moment～』和PC系列作同样交由「JOH + KIYO」进行演唱，作词作曲部份则由KIYO（水月陵）负责。
少年「久我満琉」在某天收到了一份不可思议的入学通知书，那是一所隐藏在深山中、拥有大时钟塔的全住宿制学校「私立天秤瑠璃学园」所寄来──但満琉在入学首日就卷入了莫名其妙的麻烦事件之中，还因此被编入了「特殊事案调查分室」。调查分室位于地下图书馆的深处，负责整体营运的是一位冷酷的2年级生「鹿谷忧绪」。 満琉与另一位新生「乌丸小太郎」从忧绪口中得知了学园中拥有真正魔术的事实，每当时钟塔一敲响、夜之世界的学园就会和现实世界融为一体，而分室的工作就是负责暗中处理这些因为魔术或夜之世界所引起的各式麻烦事情……
